在基因疗法的开发过程中，一个优秀的基因递送载体必须能够实现从科学研究到临床前研究的平滑过渡。与科研载体设计相比，临床应用中的载体设计需要综合考虑更多的关键要素，包括细胞和基因治疗产品的疗效、安全性以及可制造性等。为了确保基因疗法药物的最终效果，优化载体设计是必不可少的，且需要细致考察多个因素。

除了载体序列本身，载体组件的位置排列对于顺利地实现载体功能以及最大限度地减少非必要的序列相互作用也有显著影响。此外，通过选择适当的载体系统，优化包膜蛋白或衣壳以靶向特定组织，可以提升基因递送的效率，进一步促进临床试验的成功。

图2 云舟生物通过宿主菌优化和骨架优化提升载体产量。载体克隆使用了不同的骨架，在实验室规模下进行发酵测定特定产量（柱）和体积产量（点）。

图3 云舟生物采用衣壳进化筛选方法后的新型AAV衣壳。AAV转导小鼠颈椎，对比衣壳优化前的传统血清型AAV与优化后的新型衣壳AAV的转基因（CMV>EGFP）递送效率。